Az 1950-es évek végére szükségszerűvé vált az általános és a mozgásszervi sebészet szétválasztása. Az országos tendenciának megfelelően 1960-ban a budapesti intézet után másodikként, a Sebészeti Klinikából kiválva Debrecenben is megalakult az önálló Ortopédiai Klinika Pap Károly professzor vezetésével. Munkásságát a biológiai szemlélet és a funkcionális kezelési elvek alkalmazása jellemezte.

Nyugdíjazását követően Szepesi Kálmán professzor vette át a klinika irányítását. Vezetése alatt lendült fel a gyermekortopédiai ellátás és kezdődtek el a nagyízületi endoprotézis beültetések.

Utódja, Csernátony Zoltán professzor 2003-ban kapta meg intézetvezetői kinevezését. Tevékenységének köszönhetően tovább fejlődött az endoprotetika, elkezdődött a gerincferdülés korszerű sebészeti ellátása, új implantátumok bevezetésével megteremtette a korszerű protézis revíziók feltételeit. Kialakult a váll, a láb, és a sportsebészeti profil.

A Debreceni Egyetem döntése alapján 2023. május 1-én az Ortopédiai Klinika és a Traumatológiai és Kézsebészeti Osztály egyesülésével létrejött az Ortopédiai és Traumatológiai Klinika. Az integrált intézmény vezetését Csernátony Zoltán professzor 2023. októberében bekövetkezett halála után 2025. márciusától Dr. Karácsonyi Zoltán vette át.