Az 1950-es évek végére szükségszerűvé vált az általános és a mozgásszervi sebészet szétválasztása. Az országos tendenciának megfelelően 1960-ban a budapesti intézet után másodikként, a Sebészeti Klinikából kiválva Debrecenben is megalakult az önálló Ortopéd Klinika Pap Károly professzor vezetésével. Munkásságát a biológiai szemlélet és a funkcionális kezelési elvek alkalmazása jellemezte.
Nyugdíjazását követően Szepesi Kálmán professzor vette át a klinika irányítását. Vezetése alatt lendült fel a gyermekortopédiai ellátás és kezdődtek el a nagyízületi endoprotézis beültetések.
A klinika jelenlegi igazgatója Csernátony Zoltán professzor 2003-ban kapta meg intézetvezetői kinevezését. Tevékenységének köszönhetően tovább fejlődött az endoprotetika, elkezdődött a gerincferdülés korszerű sebészeti ellátása, új implantátumok bevezetésével megteremtette a korszerű protézis revíziók feltételeit. Kialakult a váll, a láb, és a sportsebészeti profil.